庶務・渉外部
庶務部	女医部会、今治医歯薬会、各種会議の運営。庶務渉外一般。
臨床今治	臨床雑誌「臨床今治」の発行。臨床今治編集委員会の運営。
広報部	医師会事業の啓蒙。地域行政・医政関係情報の提供。 今治市医師会報の発行。県医師会との連携。医師会ホームページの充実。
会員福祉部	会員相互の親睦の推進。今治市医師会団体保険などの監督。
勤務医部	勤務医の医師会活動参画促進。病病・病診連携の強化。
地域保健部
地域保健	関係行政機関との連携。検診など保健事業。日曜在宅当番医制運営。
産業保健	地域産業保健センターの運営。産業医研修。関連行政機関との提携。
学校保健	学校医活動。予防接種事業。
救急部門	救急医療対策の運営。
小児部門	小児検診、日曜休日診療体制
周産期部門	周産期医療の検討
危機管理部門	感染症対策、災害医療
会員業務部	労災保険、自動車賠償責任保険関連。医業経営検討。 スポーツ医委員会の運営。コンピューター情報研究委員会の運営。
学術部	医学講演会の開催など、医学研修。
社会保障部	保険事務の円滑なる運営。関係機関との協議。
医事紛争処理委員会	医療事故予防の推進。医事紛争処理の支援。
今治市医師会医療事故調査支援委員会	今治医療圏域での医療事故調査委員会への支援。
生涯教育部	市民医学講座の開催。
介護保険部	介護保険協議。介護保険関連講演会開催。地域リハビリ委員会の運営。
病診連携部	医師会医療ネットワークの構築。地域完結型病病・病診連携の確立。
しまなみ部	島嶼部市民の健康増進。陸地部と島嶼部医師会員の病診連携
特別事業部	今治市医師会市民病院
	今治市医師会休日夜間急患センター
	今治市医師会診療所臨床検査部
	今治看護専門学校
	今治市医師会保育所エンゼル保育園